Der Erlass der Schutzgebietsverordnungen ist ein wichtiger Meilenstein für einen umfassenden Meeresnaturschutz. Auf dieser Grundlage werden wichtige Arten wie Schweinswal, Seehund und Kegelrobbe endlich wirksam geschützt. Auch wertvolle Lebensraumtypen wie Sandbänke oder Riffe werden vor Zerstörungen oder Beeinträchtigungen bewahrt.
Bestimmte Vorhaben werden generell untersagt, etwa die Errichtung von Anlagen und Bauwerken, die Einrichtung von Aquakulturen und die Einbringung von Baggergut. Im Einzelfall werden FFH-Verträglichkeitsprüfungen (Abkürzung für "Fauna, Flora, Habitat") vorgeschrieben, unter anderem für die Erzeugung von Energie aus Wasser, Strömung und Wind, die Gewinnung von Bodenschätzen und die Verlegung von unterseeischen Kabeln. Im Vergleich zu den bisherigen Vogelschutzgebietsverordnungen "Östliche Deutsche Bucht" und "Pommersche Bucht" ist zudem die Regulierung der wissenschaftlichen Meeresforschung beim Einsatz von Luftpulsern (sogenannten Airguns) hervorzuheben. Die Wahl der strengsten Schutzgebietskategorie (Naturschutzgebiet) macht die Bedeutung der sechs neuen Meeresschutzgebiete deutlich.
Mit dem Erlass der sechs Schutzgebietsverordnungen für die sogenannte "Ausschließliche Wirtschaftszone der Nord- und Ostsee" (AWZ) kommt Deutschland seiner Verpflichtung nach, europäisches Naturschutzrecht auf nationaler Ebene umzusetzen. Die AWZ ist der Meeresbereich außerhalb des 12 Seemeilen breiten Küstenstreifens. Hier ist der Bund für den Naturschutz zuständig. Die FFH-Richtlinie (Abkürzung für "Fauna, Flora, Habitat") sieht vor, dass bereits nach europäischem Recht geschützte Meeresgebiete auch durch nationale Regelungen zu schützen sind. Die Frist hierfür ist bereits Ende 2013 abgelaufen. Die beiden seit 2005 bestehenden Vogelschutzgebiete werden in die neuen Verordnungen integriert.
Die EU-Kommission hat die fehlende nationale Unterschutzstellung der fraglichen FFH-Gebiete in der Verantwortung des Bundes zunächst gerügt. Bereits Anfang 2015 hat die Kommission wegen mangelhafter rechtlicher Umsetzung der Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie ein Vertragsverletzungsverfahren gegen Deutschland eingeleitet. Würde Deutschland sich weiterhin weigern, die FFH-Richtlinie (Abkürzung für "Fauna, Flora, Habitat") zu befolgen, müssten wir mit einer Klage der EU-Kommission vor dem Europäischen Gerichtshof und am Ende mit hohen Strafzahlungen rechnen. Im Hinblick auf die rechtliche Sicherung der Meeresschutzgebiete dürfte das Verfahren nun gegenstandslos sein. Allerdings müssen auch die Bundesländer noch Natura-2000-Gebiete an Land rechtlich sichern.
Freizeitfischerei bleibt weiterhin in weiten Teilen von Nord- und Ostsee möglich, auch in wichtigen Teilen der Schutzgebiete. Angestoßen durch die Länder- und Verbändeanhörungen im Februar 2016 sowie aufgrund von Stellungnahmen der Fischerei- und Tourismusverbände wurde ein Schutzkonzept entwickelt, das sowohl dem Schutz des marinen Naturerbes als auch den Belangen der Freizeitfischerei Rechnung trägt. Danach wird die Freizeitfischerei nicht pauschal in allen sechs Schutzgebieten, sondern räumlich und zeitlich abgestuft in fünf Schutzgebieten reguliert. Einschränkungen gelten demnach in folgenden Gebieten:
Diese Beschränkungen der Freizeitfischerei dienen der Erreichung des von der FFH-Richtlinie geforderten "günstigen Erhaltungszustands" des Lebensraumtyps "Riff" und seiner charakteristischen Arten, wie zum Beispiel des Dorschs. Riffe stellen für den Dorsch bedeutende Nahrungsgründe und Rückzugsgebiete dar. Diese werden von der Freizeitfischerei beeinträchtigt, die sich auf die Riffvorkommen und den dort vorkommenden Dorsch konzentriert.
In anderen Bereichen, die auch Vogelschutzgebiete sind, dient der Schutz vorwiegend den rastenden Seevögeln. Hier ist der mit der Freizeitfischerei verbundene Bootsverkehr eine Störquelle durch den Aufenthalt abseits der Hauptschifffahrtsrouten direkt über den Nahrungsgründen der Seevögel, den geschützten Sandbänken und Riffen. Für die hier rastenden, überwinternden beziehungsweise im Sommer mausernden und dann teilweise flugunfähigen Seevögel ist diese Störung erheblich.
Vor diesem Hintergrund sind die Beschränkungen der Freizeitfischerei naturschutzfachlich unverzichtbar, zumal in der ausschließlichen Wirtschaftszone von Nord- und Ostsee weiterhin auf 80 Prozent der Fläche geangelt werden kann und nur auf 20 Prozent naturschutzrechtliche Einschränkungen gelten.
Alle Regelungen der Berufsfischerei erfolgen grundsätzlich auf europäischer Ebene.
Zuständig für den Erlass der Schutzgebietsverordnungen ist nach Paragraf 57 Bundesnaturschutzgesetz (BNatSchG) das Bundesumweltministerium, wobei die fachlich betroffenen Bundesministerien zu beteiligen sind. Ein Einvernehmen anderer Ressorts für den Erlass der Schutzgebietsverordnungen ist nach dem BNatSchG nicht vorgesehen. Die Beteiligung der anderen Ressorts hat stattgefunden. Entwürfe der Verordnungen waren während der letzten zweieinhalb Jahre Gegenstand intensiver Abstimmungen innerhalb der Bundesregierung und wurden infolgedessen weiterentwickelt. Darüber hinaus haben auch mehrere Gespräche mit betroffenen Verbänden und Vertretern der Länder stattgefunden. Auf dieser Grundlage wurde ein Schutzkonzept erarbeitet, das sowohl die Anliegen der Nutzerseite als auch die Erfordernisse des Naturschutzes berücksichtigt.