Stand: Dezember 2012
Auf dem Gebiet des Wasserhaushaltes hat der Bund das Recht, Rahmenvorschriften zu erlassen (sogenannte Rahmenkompetenz). Dies bedeutet, dass der Bund den Ländern einen rechtlichen Regelungsrahmen vorgeben kann. Die Länder müssen diesen Rahmen durch eigenes Landesrecht ausfüllen und können ergänzende Regelungen erlassen.
Der Verwaltungsvollzug aller wasserrechtlichen Vorschriften einschließlich der Bundesgesetze und damit insbesondere die Erteilung der behördlichen Zulassungen ist Sache der Länder.
Die Wasserwirtschaftsverwaltungen der Länder sind überwiegend in die allgemeine Landesverwaltung integriert; in den neuen Ländern hat man zum Teil besondere Umweltverwaltungen eingeführt.
In den meisten Ländern folgt die Wasserwirtschaftsverwaltung dem dreistufigen Aufbau der allgemeinen Verwaltung, wobei die Aufgabenzuordnung von Land zu Land Unterschiede aufweist:
Landesministerium mit dem Geschäftsbereich Wasserwirtschaft; in aller Regel Umweltministerium.
Aufgaben: Steuerung der Wasserwirtschaft und übergeordnete Verwaltungsverfahren.
Bezirksregierungen, Regierungspräsidien.
Aufgaben: Regionale wasserwirtschaftliche Planung, bedeutsame wasserrechtliche Verfahren, Verwaltungsverfahren.
Untere Wasserbehörden sind die Kreise und kreisfreie Städte.
Aufgaben: Wasserrechtliche Verfahren, Überwachung von Gewässern und behördlichen Entscheidungen, z. B. zu Abwassereinleitungen.
Eine Ausnahme bilden einige kleinere Länder, die eine zweistufige Verwaltung ohne Mittelinstanz besitzen sowie Stadtstaaten mit nur einer wasserwirtschaftlichen Ebene.
Von den die wasserrechtlichen Entscheidungen treffenden Wasserbehörden sind die technischen Fachämter (Landesämter, Landesanstalten, Umweltämter, Wasserwirtschaftsämter) zu unterscheiden. Sie nehmen vor allem Beratungs- und Begutachtungsfunktionen wahr. Zur Abstimmung gemeinsamer Fragen haben sich die obersten Landesbehörden auf dem Gebiet der Wasserwirtschaft zur Länderarbeitsgemeinschaft Wasser (LAWA) zusammengeschlossen.
Die Kommunen haben beim Vollzug der Umweltgesetze von Bund und Ländern, vor allem aber auch im Rahmen ihrer verfassungsrechtlich garantierten Selbstverwaltung, wichtige Aufgaben im Umweltschutz zu erfüllen. Sie gestalten mit ihren Entscheidungen die örtliche Lebenswelt der Bürger. Zu den traditionellen Pflichtaufgaben der Kommunen gehören nach Maßgabe der Landeswassergesetze die Trinkwasserversorgung und die Abwasserbeseitigung. Zur Deckung der hierbei anfallenden Kosten erheben sie von den Benutzern Abwassergebühren bzw. Abwasserabgaben. Als Eigentümer kleinerer Gewässer haben sie auch für deren Unterhaltung zu sorgen. Zur eigenverantwortlichen und effektiven Durchführung der Wasserversorgung und Abwasserbeseitigung stehen den Gemeinden verschiedene Betriebsformen zur Verfügung.
Eine besondere Rolle spielt die in Deutschland meist freiwillige, teilweise auch vom Land gesetzlich geregelte Zusammenarbeit von Gemeinden in Verbänden, um die Organisation von Wasserversorgung und Abwasserbehandlung sowie die Gewässerunterhaltung technisch, wirtschaftlich und auch im Hinblick auf den Gewässerschutz effizient zu gestalten. Diese Verbände unterscheiden sich nach Aufgabe, regionaler Ausdehnung und Organisationsform:

Organisationsformen der Träger der Abwasserentsorgung, gewichtet nach den an die Kanalisation angeschlossenen Einwohner.