Seit März 2004 gibt es die Flussgebietsgemeinschaft Elbe, zu der sich aufgrund der EG-Wasserrahmenrichtlinie die Länder Bayern, Berlin, Brandenburg, Mecklenburg-Vorpommern, Niedersachsen, Sachsen, Sachsen-Anhalt, Schleswig-Holstein, Thüringen und Hamburg und der Bund zusammenschlossen haben. Ziel ist, gemeinsam die Bewirtschaftung der Elbe von der Quelle bis zur Mündung und vom Hauptstrom bis zu den Nebenflüssen vorzunehmen.