Stand: Mai 2011
Ziel des Gewässerschutzes in Deutschland ist, überall Gewässer mit guter ökologischer Qualität zu erhalten bzw. wiederherzustellen. Es muss also verhindert werden, dass schädigende Stoffe in die Gewässer gelangen. Daneben müssen die Gewässer, ihre Ufer und ihr Umfeld so erhalten bzw. wieder gestaltet werden, dass sich die für den jeweiligen Naturraum typischen Lebensgemeinschaften dort entwickeln können.
Um dieses Ziel zu erreichen, gibt es
Der Belastungszustand von Flüssen und Seen hat sich während der letzten 25 Jahre wesentlich verbessert. Es ist ein insgesamt deutlicher Rückgang der stofflichen Belastung der Gewässer und damit verbunden ein für die Fischfauna lebenswichtiger Anstieg der Sauerstoffkonzentrationen festzustellen:
Zukünftig werden sich die Anstrengungen zur Gewässerreinhaltung vermehrt darauf beziehen, sogenannte diffuse Belastungsquellen, wie Einträge aus der Landwirtschaft, Regenabläufe oder Einträge aus dem Verkehr und von anderen Luftverschmutzern, zu verringern und die Struktur der Gewässer zu verbessern.
Das Gebiet der Bundesrepublik Deutschland gliedert sich hydrologisch in die Stromsysteme Donau, Rhein, Ems, Weser, Elbe und Oder und in die Küstengebiete von Nord- und Ostsee. Die fünf größten Flüsse sind Donau, Rhein, Weser, Elbe und Oder.
Jeweils 28 % und 27 % der Fläche der Bundesrepublik umfassen die Einzugsgebiete von Rhein und Elbe. Sie gehören wie die Weser zum Einzugsgebiet der Nordsee. Das Gebiet der Oder ist ein Teileinzugsgebiet der Ostsee. Die Bundesrepublik Deutschland hat am Oder-Einzugsgebiet nur einen Anteil von rund 5 %. Die Donau mündet in das Schwarze Meer und hat am Bundesgebiet einen Flächenanteil von etwa 16 %.
Das Abflussgeschehen der Flüsse ist u.a. stark vom Niederschlag abhängig. Die Niederschlagsmenge in Deutschland nimmt von West nach Ost ab. Eine Trennlinie bilden die Mittelgebirge Thüringer Wald und Harz, in deren "Regenschatten" im langjährigen Mittel weniger als 500 mm Niederschlag fallen. In den Alpen und teilweise in den Mittelgebirgen liegen die langjährigen mittleren Niederschlagshöhen hingegen bei über 1.600 mm im Jahr.
Der Rhein und die alpinen Nebenflüsse der Donau sind aufgrund der hohen Niederschlagsmengen durch hohe Abflüsse geprägt. Der Sommer 2003 hat jedoch durch seine Trockenheit diese Regel außer Kraft gesetzt.
Die hydrologischen Bedingungen prägen die chemischen und biologischen Verhältnisse in den Fließgewässern entscheidend. So führen Niederschläge zur Abschwemmung aus der Fläche (diffuse Quellen, z.B. Landwirtschaft), gleichzeitig bewirkt die erhöhte Wasserführung eine Verdünnung der Stoffkonzentrationen aus punktförmigen Einleitungen.
Neben dem Abfluss wirken sich die unterschiedlichen Nutzungen im Einzugsgebiet und die strukturellen Gegebenheiten der Gewässer auf die Gewässergüte aus: Flüsse nehmen die Abwasserlast industrieller und kommunaler Einleiter auf, sie sind diffusen Einträgen aus der landwirtschaftlich genutzten Fläche ausgesetzt und dienen ferner als Verkehrsweg (Schifffahrt) und der Energiegewinnung (Wasserkraft).