Aufgrund der speziellen Preisbildungsmechanismen auf dem deutschen Strommarkt haben erneuerbare Energien in der Vergangenheit einen deutlich dämpfenden Einfluss auf die Börsenstrompreise ausgeübt. Nach einer wissenschaftlichen Untersuchung von Fraunhofer/ISI für das BMU senkte dieser sog. "Merit-Order-Effekt" in den letzten drei Jahren die Kosten der Strombeschaffung über den Spotmarkt um 2,5 Euro/MWh (2004), 4,3 Euro/MWh (2005) bzw. 7,8 Euro/MWh (2006). Hochgerechnet auf den gesamten deutschen Strombedarf entspräche dies 2006 - rechnerisch - einem Volumen von rd. 5 Mrd. Euro.
Die o.g. Studie hat in der Diskussion um die Nutzenwirkungen des EEG deutliche Akzente gesetzt und wurde z. T. kontrovers aufgenommen. In einem eigenen, englischsprachigen Working Paper zum Merit-Order Effekt haben Fraunhofer/ISI Ende 2007 daher neben den Ergebnissen ihrer Analyse auch wesentliche Kritikpunkte hieran dargestellt und kommentiert.