Die umweltpolitische Zusammenarbeit des BMU mit den Staaten Mittel- und Osteuropas erfolgt nicht nur mit den EU-Beitrittsländern und den aktuellen Beitrittskandidaten Kroatien, Mazedonien, Türkei. Sie erstreckt sich auch auf die weiteren Staaten des Westbalkans, den Kaukasus und die Staaten Zentralasiens. Dort geht es vor allem darum, die grundlegenden Probleme im Luft-, Wasser- und Abfallbereich zu lösen. Seit 2008 fördert das Bundesumweltministerium zudem im Rahmen seiner Internationalen Klimaschutzinitiative in Entwicklungs-, Schwellen- und Transformationsländern Projekte zum Klimaschutz. Hierbei unterstützt es sowohl Projekte zur Emissionsminderung als auch zur Anpassung an die Folgen des Klimawandels. Ein weiterer Schwerpunkt ist die Zusammenarbeit mit Russland und der Ukraine.