Gewässer machen an Grenzen nicht Halt. Große Flüsse und ihre Einzugsgebiete erstrecken sich oft über mehrere Staaten. In diesen Flussgebietseinheiten müssen daher alle Beteiligten zusammen arbeiten. Sie müssen ihre Maßnahmen und Nutzungen aufeinander abstimmen, damit diese großen Ökosysteme sinnvoll geschützt werden können.
Das ist gerade für die deutschen Flüsse besonders wichtig, weil Deutschland durch seine Lage mitten in Europa Teil mehrerer internationaler Flussgebietseinheiten ist, vor allem Donau, Rhein, Maas, Elbe und Oder. Um die erforderlichen Arbeiten koordinieren zu können, wurden für die großen Flussgebietseinheiten Internationale Gewässerschutzkommissionen gegründet, die teilweise schon, wie am Rhein, seit Jahrzehnten existieren. Deutschland ist Mitglied der Internationalen Kommissionen zum Schutz des Rheins, der Mosel und Saar, der Maas, der Elbe, der Oder und der Donau. Auch an der Ems arbeiten Deutschland und die Niederlande auf internationaler Ebene zusammen. Damit die Abstimmung auch innerhalb Deutschlands zwischen den Bundesländern funktioniert, gibt es für den Rhein und die Elbe auch nationale Koordinierungsgremien wie die Flussgebietsgemeinschaft Elbe.
Derzeit konzentrieren sich die Arbeiten in den internationalen Flussgebietskommissionen auf die Umsetzung der EG-Wasserrahmenrichtlinie. Die ersten erforderlichen Schritte wie die Bestandsaufnahme des Gewässerzustands in den Flussgebieten und die Erarbeitung von Überwachungsprogrammen wurden auf internationaler Ebene koordiniert und es wurden gemeinsame Berichte erstellt. Die Kommissionen befassen sich aber zum Beispiel auch mit Fragen des Hochwasserschutzes und Warn- und Alarmplänen bei Unfällen.
Im Rahmen der grenzüberschreitenden Zusammenarbeit arbeitet Deutschland mit seinen Nachbarstaaten Polen, der Tschechischen Republik, Österreich, Dänemark und Niederlande in bilateralen Gewässerkommissionen zusammen. Diese Kommissionen dienen der gegenseitigen Information, Diskussion und Abstimmung grenzüberschreitend wichtiger Fragen der Gewässerbewirtschaftung, z.B. von Projekten an den Grenzgewässern, wie dem Bau von Wasserkraftanlagen, oder der Nutzung grenzüberschreitender Grundwasservorkommen.
Die grenzüberschreitende Zusammenarbeit im Gewässerschutz ist seit vielen Jahren erfolgreich. Sie führt nicht nur zu einer Verbesserung der chemischen und ökologischen Gewässerqualität, sondern dient auch dem gegenseitigen Informationsaustausch und der Harmonisierung der Standards und Methoden.