Deutschland arbeitet mit seinen Nachbarstaaten Polen, der Tschechischen Republik, Österreich, Dänemark und den Niederlanden seit Jahrzehnten aufgrund bilateraler Verträge zum Gewässerschutz zusammen. Sie umfassen vor allem die Grenzgewässer zwischen Deutschland und dem jeweiligen Staat, teilweise aber auch darüber hinausgehende Bereiche.
Um die grenzüberschreitende Arbeit zu organisieren wurden gemeinsame Kommissionen gegründet, in denen Deutschland und der Nachbarstaat vertreten sind.
Die Kommissionen werden bei ihrer Arbeit von Arbeitsgruppen oder Ausschüssen unterstützt, die mit Fachleuten beider Seiten besetzt sind. Diese Gremien sind entweder nach regionalen Einheiten oder thematisch gegliedert.
Deutschland wird in den Kommissionen durch das Bundesumweltministerium und die Bundesländer vertreten, die an den jeweiligen Nachbarstaat angrenzen. Die Kommissionen tagen in der Regel einmal jährlich abwechselnd in den Staaten.
Vertrag zwischen Deutschland und Dänemark, betreffend die Regelung der durch den Übergang der Staatshoheit in Nordschleswig auf Dänemark entstandenen Fragen (RGBl. II 1922 S. 141, 152)
Deutschland wird durch das Land Schleswig-Holstein in dieser Kommission vertreten.
Vertrag vom 08. April 1960 zwischen der der Bundesrepublik Deutschland und dem Königreich der Niederlande zur Regelung von Grenzfragen und anderen zwischen beiden Ländern bestehenden Problemen (Ausgleichsvertrag) (BGBl. II 1963 S. 458, 463).
Ergänzendes Protokoll vom 22. August 1996 zum Ems-Dollart-Vertrag zur Regelung der Zusammenarbeit zum Gewässer- und Naturschutz in der Emsmündung (Ems-Dollart-Umweltprotokoll) (BGBl. II 1997 S. 1702, 1703)
Vertrag vom 01. Dezember 1987 zwischen der Bundesrepublik Deutschland und der Europäischen Wirtschaftsgemeinschaft einerseits und der Republik Österreich andererseits über die wasserwirtschaftliche Zusammenarbeit im Einzugsgebiet der Donau (BGBl. II 1990 S. 790, 791).
Seit dem EU-Beitritt Österreichs sind in der Kommission nur noch Deutschland und Österreich vertreten.
Vertrag vom 19. Mai 1992 zwischen der Bundesrepublik Deutschland und der Republik Polen über die Zusammenarbeit auf dem Gebiet der Wasserwirtschaft an den Grenzgewässern (BGBl. II 1994 S. 59, 60).
Vertrag vom 12. Dezember 1995 zwischen der Bundesrepublik Deutschland und der Tschechischen Republik über die Zusammenarbeit auf dem Gebiet der Wasserwirtschaft an den Grenzgewässern (BGBl. II 1997 S. 924, 925).